Masjid Putra yang dinamakan sempena Perdana  Menteri Malaysia yang pertama, Almarhum Tunku Abdul Rahman Putra Al Haj merupakan salah satu mercu tanda utama Putrajaya. Kedudukannya adalah bersebelahan dengan Dataran Putra dan berhadapan dengan Tasik Putrajaya. Dari masjid ini boleh dapat dilihat dengan jelas keindahan tasik dan kawasan sekitarnya. Sebahagian besar kawasan masjid dikelilingi oleh tasik Putrajaya. Ini menjadikan Masjid Putra kelihatan terapung-apung di permukaan tasik. Selain dari itu ianya juga membolehkan udara segar dari tasik bertiup masuk untuk menyejukkan kawasan masjid. Jambatan Putra dan Kompleks Perdana Menteri juga boleh dilihat dengan jelas dari masjid ini.

ARAS BAWAH DUA : menampilkan imej pertahanan yang kuat dimana  bahagian bawahnya dihias dengan dinding dan benteng yang didirikan  disekeliling aras ini untuk memberi gambaran keteguhan.

ARAS BAWAH : menggambarkan konsep terbuka dimana tiang berbentuk payung dan ukiran yang direka (masyrabiah) dapat memberi perlindungan 
daripada hujan dan panas serta membolehkan pengudaraan semulajadi. Konsep Masjid Putra yang terbuka ini juga membolehkan kesinambungan antara saf dalam dan saf luar.

ARAS SATU DAN BUMBUNG : mengandungi 8 buah kubah kecil yang membentk 4 penjuru dewan solat utama. Disekeliling aras tersebut, konsep terbuka jelas kelihatan dengan adanya tingkat-tingkat besar 
yang dihiasi dengan masyrabiah.

16 TUDUNG KONKRIT : mengelilingi aras yang mana bermulanya kubah Puncak kubah ini dihiasi dengan mercu tajam yang menghala ke langit.

MENARA
Terdapat juga sebuah menara yang berdiri megah setinggi 116 meter di sebelah kiri pintu gerbang Masjid Putra. Menara berbentuk bintang lapan penjuru ini jelas memperlihatkan keunggulan senibina dan senireka Islam. Terdapat lima tingkat pembahagi pada menara ini untuk melambangkan lima rukun Islam dan juga sembahyang lima waktu. 

KUBAH UTAMA
Kubah Masjid Putra berwarna merah jambu. Rekabentuknya berasaskan arabesque iaitu ukiran tumbuhan sepertimana yang diukir pada kubah-kubah masjid di Mesir. Ukiran dan hiasan dalaman kubah dan masjid keseluruhannya diilhamkan dari seni ukiran tradisional orang Melayu.
Kayu cengal dan seraya hitam digunakan untuk menghidupkan seni ukir di dalam masjid.

ARAS BAWAH DUA : Aras ini menjadi penghubung utama kepada sesiaran (promenade) yang merupakan rangkaian jalan untuk pejalan kaki mengelilingi tasik buatan manusia. Di atas aras ini juga terdapat pelantar untuk menghayati tasik dan persekitarnnya yang indah terserlah. Pelantar ini juga digunakan untuk penyelenggaraan bangunan masjid.

ARAS BAWAH SATU : Aras ini menempatkan pelbagai kemudahan iaitu sebuah auditorium yang boleh memuatkan seramai 450 orang, dewan makan untuk 400 orang dan sebuah ruang legar/pameran. Aras ini juga menempatkan pejabat utama Masjid Putra, tiga buah bilik kuliah yang boleh menampung 100 orang setiap satu, bilik pengurusan jenazah dan rumah kakitangan serta tempat wuduk dan bilik air.

ARAS BAWAH : Aras ini merupkan aras terpenting Masjid Putra di mana terletaknya dewan solat utama yang boleh menampung jemaah seramai 8000 orang. Pintu masuk utama terletak di aras ini yang rekabentuknya berdasarkan struktur di Isfahan. Sebuah laman terbuka (sahn) terbentang luas di antara ruang solat utama dengan pintu masuk utama ini. Laman terbuka ini merupakan tapak bagi menara setinggi 116 meter dan dihiasi kolam-kolam
air dan pepohon. Laman terbuka serta pelantar sekeliing aras ini boleh menampung seramai 5000 jemaah lagi.

ARAS SATU : Di aras ini terletak dewan solat utama wanita yang boleh menampung 2000 jemaah.

Keempat-empat aras di atas dihubungkan oleh rangkaian tangga yang bermula dari tempat wuduk utama serta dua buah lif di kiri dan kanan pintu dewan solat utama.